菏泽学院图书馆拥有图书资料306万册（其中纸质图书173万余册，电子图书148万余种），图书内容涵盖了文、史、艺、经、法、管、教育、理、工、农十大学科门类，其中包括《四库全书》、《续修四库全书》、《古今图书集成》、《四部丛刊》、《万有文库》、英文版《化学文摘》、《申报》等重要典籍。每年订购各类中外文报刊1万余种，其中纸质报刊近2000余种，电子期刊15000余种。购买的数据库有：超星数字图书馆、超星读秀、同方知网中文期刊全文数据库、万方科技子系统、万方中国学位论文、万方论文相似性检索子系统、人大复印报刊资料全文数据库、维普考试资源系统、SpringerLink外文数据库、EBSCO外文数据库；自建4个电子资源数据库：菏泽地方文献电子资源数据库、菏泽学院优秀学位论文数据库、馆藏书目数据库以及随书光盘数据库。